

- El fiscal es el nuevo responsable de la investigación, aunque siempre bajo el control del juez, cuya función será la de garantizar los derechos de los investigados. El fiscal iniciará la investigación mediante decreto y podrá tener bajo su mando un equipo de fiscales en aquellas causas que resulten más complejas, además pude proceder al archivo del procedimiento si no hay indicios de delito.
- Se limita a un año máximo el tiempo de la instrucción, excepto para casos de terrorismo y crimen organizado, en los que podrá ampliarse en un intento por evitar investigaciones eternas.
- La figura del "imputado" desaparece y se sustituye por la de "investigado", que podrá reunirse con su abogado antes y después de declarar ante la Policía. Además, podrá tener derecho a intérprete y a conocer todos los cargos y el expediente íntegro de la causa abierta contra él. El fiscal será el responsable de informar a los medios de comunicación sobre el proceso, sin facilitar la identidad o imagen del investigado durante la fase de instrucción.
- Aumentan los derechos de los detenidos: Se especifican las causas de detención, que no podrá prolongarse en el tiempo más de lo estrictamente imprescindible, salvo casos de terrorismo. El juez debe regularizar la situación personal del detenido en el plazo de 72 horas, o autorizar la prórroga de la detención. La prisión incomunicada sólo se contempla para casos especiales como homicidio, detención ilegal o secuestro, o si existe riesgo de destrucción de pruebas.
- Es la primera vez que se incorpora una definición expresa de "víctima" en el proceso penal, se garantizará que no exista una confrontación visual con el acusado, tendrán derecho a recibir información sobre las actuaciones, a personarse como acusación particular y a ser protegidas si es necesario. No se podrán difundir la identidad ni la imagen de las víctimas y testigos menores de edad.
- Las inspecciones, cacheos, registros de ropas y análisis de ADN quedan regulados para garantizar los derechos a la intimidad de los detenidos. Se requiere autorización del juez de garantías para obtener muestras biológicas del investigado sin su consentimiento. Se regulan también las entradas y registros y la figura del "agente encubierto", que actuará siempre con autorización judicial.
- La interceptación de una comunicación (vulgarmente conocido como “escuchas”) sólo podrán practicarse, previa autorización del juez, para delitos graves y siempre que no exista otro medio menos gravoso. Se prohíbe toda intervención de las conversaciones con el abogado encargado de la defensa del investigado, salvo que haya indicios de su participación en un delito, y las grabaciones, una vez termine el proceso, serán destruidas.
- En cuanto al juicio oral, éste ya no comenzará con el interrogatorio del procesado, que pasará a sentarse junto a su letrado, sino que será la acusación la que tenga que demostrar sus tesis y no sólo dedicarse a rebatir lo dicho por el acusado. Será posible efectuar "interrogatorios cruzados" o careos entre los testigos y se reservará también un lugar en la sala para la víctima.
- Se ponen límites al ejercicio de la acusación popular: se prohíbe ejercerla a las administraciones públicas, partidos políticos y sindicatos, además el acusador popular no podrá actuar en delitos privados, semipúblicos y faltas, ni tampoco en los casos en los que la víctima y el fiscal hayan pedido el sobreseimiento.